hu.MAP 2.0: Complex View
Human Protein Complex Map
Search for a protein
Complex: HuMAP2_05113
Confidence: Medium High
Proteins| Genename | Protein Name | Links |
|---|---|---|
| NBN | Nibrin (Cell cycle regulatory protein p95) (Nijmegen breakage syndrome protein 1) | UniProt NCBI |
| FAM219A | Protein FAM219A | UniProt NCBI |
| RAD50 | DNA repair protein RAD50 (hRAD50) (EC 3.6.-.-) | UniProt NCBI |
Enrichments
| Term ID | Corrected Pval | Fraction Complex Coverage | Proteins | Term Name |
|---|---|---|---|---|
| CORUM:2767 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | RAD50-MRE11-NBN-p200-p350 complex |
| CORUM:1081 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:972 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:618 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:331 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:173 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:73 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:71 | 1.00675659188e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN complex (MRE11-RAD50-NBN complex) |
| CORUM:2218 | 2.01342304124e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MDC1-MRE11-RAD50-NBS1 complex |
| CORUM:964 | 2.01342304124e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | BRCA1-RAD50-MRE11-NBS1 complex |
| CORUM:619 | 2.01342304124e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRE11A-RAD50-NBN-TRF2 complex |
| CORUM:202 | 2.01342304124e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | BRCA1-RAD50-MRE11-NBS1 complex |
| CORUM:627 | 2.01342304124e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MRN-TRRAP complex (MRE11A-RAD50-NBN-TRRAP complex) |
| WP:WP2942 | 2.01386649763e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DDX1 as a regulatory component of the Drosha microprocessor |
| CORUM:5197 | 5.03310689057e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | PTIP-DNA damage response complex |
| CORUM:2217 | 5.03310689057e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | MDC1-MRN-ATM-FANCD2 complex |
| WP:WP186 | 6.3278776794e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Homologous recombination |
| CORUM:1189 | 7.04603414803e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA double-strand break end-joining complex |
| CORUM:2815 | 9.39429153233e-05 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | BRCA1-BARD1-BACH1-DNA damage complex II |
| REAC:R-HSA-5693548 | 0.000100412974104 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Sensing of DNA Double Strand Breaks |
| CORUM:433 | 0.00022139720913 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | BASC complex (BRCA1-associated genome surveillance complex) |
| REAC:R-HSA-5685939 | 0.000301184970683 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | HDR through MMEJ (alt-NHEJ) |
| KEGG:03440 | 0.000348719274028 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Homologous recombination |
| WP:WP2516 | 0.000709588979832 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | ATM Signaling Pathway |
| HP:0030406 | 0.000803978270478 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Primary peritoneal carcinoma |
| WP:WP3878 | 0.000905695914221 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | ATM Signaling Network in Development and Disease |
| WP:WP3959 | 0.00142103052979 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA IR-Double Strand Breaks (DSBs) and cellular response via ATM |
| WP:WP707 | 0.00211461727653 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA Damage Response |
| REAC:R-HSA-5693554 | 0.00217366618564 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) |
| WP:WP1530 | 0.00230941333173 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | miRNA Regulation of DNA Damage Response |
| HP:0011027 | 0.00286980764378 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Abnormality of the fallopian tube |
| WP:WP4016 | 0.0028706736774 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA IR-damage and cellular response via ATR |
| HP:0012125 | 0.00309925335629 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Prostate cancer |
| HP:0100787 | 0.00309925335629 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Prostate neoplasm |
| REAC:R-HSA-5693568 | 0.0033164570092 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates |
| REAC:R-HSA-5693537 | 0.00353026371942 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Resolution of D-Loop Structures |
| REAC:R-HSA-5685938 | 0.00421167999129 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | HDR through Single Strand Annealing (SSA) |
| KEGG:04218 | 0.00464549646756 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Cellular senescence |
| HP:0008775 | 0.00466087105439 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Abnormal prostate morphology |
| REAC:R-HSA-5693616 | 0.0046992786316 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange |
| REAC:R-HSA-5693579 | 0.00548064029679 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Homologous DNA Pairing and Strand Exchange |
| HP:0003220 | 0.00620427636329 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Abnormality of chromosome stability |
| GO:0031860 | 0.00811409485621 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | telomeric 3' overhang formation |
| HP:0000022 | 0.00913104209388 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Abnormality of male internal genitalia |
| WP:WP4262 | 0.00914325314966 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Breast cancer pathway |
| HP:0003002 | 0.0130957715491 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Breast carcinoma |
| REAC:R-HSA-5685942 | 0.0138871493871 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | HDR through Homologous Recombination (HRR) |
| HP:0100615 | 0.0140733842524 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Ovarian neoplasm |
| HP:0002861 | 0.0145753509873 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Melanoma |
| REAC:R-HSA-5693571 | 0.015660289467 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Nonhomologous End-Joining (NHEJ) |
| REAC:R-HSA-5693565 | 0.0190186686906 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks |
| REAC:R-HSA-5693606 | 0.0195249561753 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA Double Strand Break Response |
| REAC:R-HSA-2559586 | 0.0205574114209 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence |
| HP:0002894 | 0.0225234057432 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Neoplasm of the pancreas |
| HP:0100013 | 0.023156827915 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Neoplasm of the breast |
| REAC:R-HSA-912446 | 0.0238137546255 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Meiotic recombination |
| REAC:R-HSA-6804756 | 0.0273084129672 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation |
| GO:1904354 | 0.0283955176165 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | negative regulation of telomere capping |
| GO:0030870 | 0.0283955176165 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Mre11 complex |
| REAC:R-HSA-69473 | 0.0291450496188 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | G2/M DNA damage checkpoint |
| HP:0010785 | 0.029972334664 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Gonadal neoplasm |
| REAC:R-HSA-5693607 | 0.03104119222 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Processing of DNA double-strand break ends |
| REAC:R-HSA-1500620 | 0.0429088296136 | 0.666666666667 | RAD50 NBN | Meiosis |
| KEGG:03450 | 0.043317794065 | 0.333333333333 | RAD50 | Non-homologous end-joining |
| CORUM:72 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | RAD50 | R/M complex (RAD50-MRE11 complex) |
| CORUM:263 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | RAD50 | R/M complex (RAD50-MRE11 complex) |
| CORUM:7103 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | NBN | NBS1-VRK1 complex |
| CORUM:264 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | RAD50 | R/M complex (RAD50-MRE11 complex) |
| CORUM:2776 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | RAD50 | RAD50-BRCA1 complex |
| CORUM:2723 | 0.0499776345577 | 0.333333333333 | NBN | ATM-NBN complex |
| WP:WP438 | 0.0499785733994 | 0.333333333333 | RAD50 | Non-homologous end joining |
Edges
| Protein 1 | Protein 2 | Score | Precision | Evidence |
|---|---|---|---|---|
| NBN | RAD50 | 0.999 | 0.948 | bioplex_WMM youn_WMM Malo gupta_WMM fraction |
| NBN | FAM219A | 0.78 | 0.754 | bioplex (FAM219A) bioplex_WMM |
| RAD50 | FAM219A | 0.423 | 0.573 | bioplex (FAM219A) bioplex_WMM |
Images
Click to enlarge
Complex HuMAP2_05113 has an average edge precision of 0.758 which is ranked 1092 out of all 6965 complexes.
Related Complexes
| Genename | Complexes |
|---|---|
| NBN | HuMAP2_01080 HuMAP2_03572 HuMAP2_03801 HuMAP2_05113 |
| FAM219A | HuMAP2_01080 HuMAP2_03572 HuMAP2_03801 HuMAP2_05113 |
| RAD50 | HuMAP2_01080 HuMAP2_02474 HuMAP2_03572 HuMAP2_05113 |